2000年9月，根據黨中央關于政企分開的戰略決策，中國鐵道建筑總公司與鐵道部正式脫鉤，移交中央企業工委管理。

此后，中國鐵道建筑總公司企業改革取得重大進展。全系統現代企業制度框架基本建立，基本形成各負其責、順暢運轉、有效制衡的法人治理結構。全系統范圍內進行了重大資產重組與結構調整，將部分直屬單位劃轉集團公司（工程局）、部分單位進行資產重組與企業重構，涉及單位34個、員工26410人、資產40余億元，范圍之廣、力度之大，兵改工以來前所未有。